Ikerbasqueko Patronatua Fundazioaren gobernu organo nagusia da, eta araudiaren arabera hurrengo moduan osatzen da:
- Hezkuntza sailburua.
- Unibertsitate eta Ikerkuntza sailburuordea.
- Zientzia Politikako zuzendaria, edo haren aginpidea jasotzen duena.
- Foru Aldundi bakoitzeko Foru Diputatu bana.
- Innobasque - Berikuntzaren Euskal Agentziako presidentea.
- Beste zazpi patrono arte, Patronatuak berak izendatutakoak, Euskal Autonomi Erkidegoko ikerkuntzari ekarpen handia egin dioten pertsona fisiko edo juridikoen artean.
Zuzendari Zientifikoa
Patronatoak Fernando P. Cossío izendatu du Ikerbasque Fundazioaren Zuzendari Zientiko bezela.
Patronoak
Gaur egun, Ikerbasqueko patronatua osatzen duten pertsonak hurrengoak dira:
- Jokin Bildarratz Sorron (Hezkuntza sailburua - Eusko Jaurlaritza)
- Adolfo Morais Ezquerro (Unibertsitate eta Ikerkuntza sailburuordea - Eusko Jaurlaritza)
- Amaia Esquisabel Alegría (Ikerketaren Zuzendaria - Eusko Jaurlaritza)
- Izaskun Artetxe García (Ekonomi Sustapeneko Saila - Bizkaiko Foru Aldundia)
- Ane Insausti Altuna (Ekonomia Sustapena eta Proiektu Estrategikoetako Foru Diputatua - Gipuzkoako Foru Aldundia)
- Saray Zárate Fernández de Landa (Ekonomia Garapena eta Berrikuntzarako Foru Diputatua - Arabako Foru Aldundia)
- Manuel Salaverria Monfort (Innobasqueko presidentea)
- Maribel Arriortua Marcaida (Euskal Herriko Unibertsitateko Kristalografiako eta Mineralogiako katedradun emeritoa eta Ikerkuntza Euskadi Saria)
- Nekane Balluerka Lasa (Gizarte-Psikologia eta Portaera Zientzien Metodologia katedraduna eta UPV/EHUko errektore ohia)
- José Luis Iriarte Angel (Nafarroako Unibertsitate Publikoko Nazioarteko Zuzenbide Pribatuko Katedraduna)
- José Manuel Tuñón de Lara (Medikuntzan katedraduna eta Burdeos Unibertsitateko Errektore ohia)