Ikerbasqueko Patronatua Fundazioaren gobernu organo nagusia da, eta araudiaren arabera hurrengo moduan osatzen da:
- Hezkuntza sailburua.
- Unibertsitate eta Ikerkuntza sailburuordea.
- Zientzia Politikako zuzendaria, edo haren aginpidea jasotzen duena.
- Foru Aldundi bakoitzeko Foru Diputatu bana.
- Innobasque - Berikuntzaren Euskal Agentziako presidentea.
- Beste zazpi patrono arte, Patronatuak berak izendatutakoak, Euskal Autonomi Erkidegoko ikerkuntzari ekarpen handia egin dioten pertsona fisiko edo juridikoen artean.
Zuzendari Zientifikoa
Patronatoak Fernando P. Cossío izendatu du Ikerbasque Fundazioaren Zuzendari Zientiko bezela.
Patronoak
Gaur egun, Ikerbasqueko patronatua osatzen duten pertsonak hurrengoak dira:
- Cristina Uriarte Toledo (Hezkuntza sailburua - Eusko Jaurlaritza)
- Adolfo Morais Ezquerro (Unibertsitate eta Ikerkuntza sailburuordea - Eusko Jaurlaritza)
- Amaia Esquisabel Alegría (Ikerketaren Zuzendaria - Eusko Jaurlaritza)
- Izaskun Artetxe García (Berrikuntza eta Ekonomi Sustapeneko Saila - Bizkaiko Foru Aldundia)
- Ainhoa Aizpuru Murua (Ekonomia Sustapena, Landa Ingurunea eta Lurralde Orekako Diputatua - Gipuzkoako Foru Aldundia)
- Pilar García de Salazar Olano (Ekonomia Garapenaren eta Lurralde Orekaren Saileko diputatua - Arabako Foru Aldundia)
- Manuel Salaverria (Innobasqueko presidentea)
- Juan José Álvarez Rubio (Nazioarteko Zuzenbide Pribatuko katedraduna, UPV/EHU)
- José Félix Martí Masso (Donostialdea ESI - Donostia Ospitaleko Neurologia Zerbitzuko buru ohia; Neurologiako Katedradun emeritoa, UPV/EHU)
- Jasone Cenoz (Hezkuntzarako Ikerkuntza eta Diagnosi Metodoen katedraduna, UPV/EHU)
- Jean Michel Uhaldeborde (Ekonomiako katedradun emeritoa, Université de Pau et des Pays de l'Adour - UPPA)
- Ricardo Díez Muiño (Centro de Física de Materiales, CSIC-UPV/EHUko zientzialari titularra)
- Rosa Hernández Martín (Farmaziako katedraduna, UPV/EHU)
- Alfonso Unceta Satrustegi (Soziologiako katedraduna, UPV/EHU)