El Patronato de Ikerbasque es el máximo órgano de gobierno de la Institución, y de acuerdo con sus estatutos, está formado por:
- El Consejero de Educación del Gobierno Vasco
- El Viceconsejero de Universidades e Investigación del Gobierno Vasco
- La Directora de Política Científica del Gobierno Vasco
- Un/a Diputado/a Foral de cada Diputación Foral
- El Presidente de Innobasque, la Agencia Vasca de Innovación
- Hasta siete personas, designadas por el Patronato, que sean reconocidas por su contribución a la ciencia en el País Vasco.
Director Científico
El Patronato ha designado a Fernando P. Cossío como Director Científico de Ikerbasque.
Patronas/os
En este momento, el Patronato de Ikerbasque está formado por:
- Jokin Bildarratz Sorron (Consejero de Educación - Gobierno Vasco)
- Adolfo Morais Ezquerro (Viceconsejero de Universidades e Investigación - Gobierno Vasco)
- Amaia Esquisabel Alegría (Directora de Investigación - Gobierno Vasco)
- Izaskun Artetxe García (Departamento de Desarrollo Económico - Diputación Foral de Bizkaia)
- Ane Insausti Altuna (Diputada Foral de Promoción Económica y Proyectos Estratégicos - Diputación Foral de Gipuzkoa)
- Saray Zárate Fernández de Landa (Diputada Foral de Desarrollo Económico e Innovación - Diputación Foral de Álava)
- Manuel Salaverria Monfort (Presidente de Innobasque)
- Maribel Arriortua Marcaida (Catedrática emérita de cristalografía y mineralogía, UPV/EHU y Premio Euskadi de Investigación)
- Nekane Balluerka Lasa (Catedrática de metodología de las ciencias del comportamiento y exrectora de la UPV/EHU)
- José Luis Iriarte Angel (Catedrático de Derecho Internacional Privado en la Universidad Pública de Navarra)
- José Manuel Tuñón de Lara (Catedrático en medicina y Rector de la Universidad de Burdeos)