El Patronato de Ikerbasque es el máximo órgano de gobierno de la Institución, y de acuerdo con sus estatutos, está formado por:
- El/la Consejero/a del Gobierno Vasco con competencias en investigación científica
 - El/la Viceconsejero/a del Gobierno Vasco con competencias en investigación científica
 - El/la Director/a del Gobierno Vasco con competencias en investigación científica
 - Un/a Diputado/a Foral de cada Diputación Foral
 - El Presidente de Innobasque, la Agencia Vasca de Innovación
 - Hasta siete personas, designadas por el Patronato, que sean reconocidas por su contribución a la ciencia en el País Vasco.
 
Director Científico
El Patronato ha designado a Fernando P. Cossío como Director Científico de Ikerbasque.
Patronas/os
En este momento, el Patronato de Ikerbasque está formado por:
- Juan Ignacio Pérez Iglesias (Consejero de Ciencia, Universidades e Innovación- Gobierno Vasco)
 - Adolfo Morais Ezquerro (Viceconsejero de Ciencia e Innovación - Gobierno Vasco)
 - Amaia Esquisabel Alegría (Directora de Política Científica - Gobierno Vasco)
 - Ainara Basurko Urkiri (Diputada Foral de Promoción Económica - Diputación Foral de Bizkaia)
 - Unai Andueza Iraeta (Diputado Foral de Promoción Económica y Proyectos Estratégicos - Diputación Foral de Gipuzkoa)
 - Saray Zárate Fernández de Landa (Diputada Foral de Desarrollo Económico e Innovación - Diputación Foral de Álava)
 - Imanol Rego Iturralde (Presidente de Innobasque)
 - Maribel Arriortua Marcaida (Catedrática emérita de cristalografía y mineralogía, UPV/EHU y Premio Euskadi de Investigación)
 - Nekane Balluerka Lasa (Catedrática de metodología de las ciencias del comportamiento, exrectora de la UPV/EHU y Premio Euskadi de Investigación)
 - Joaquín Gorrochategui Churruca (Catedrático de Lingüística Indoeuropea en la UPV/EHU y Premio Euskadi de Investigación)
 - José Luis Iriarte Angel (Catedrático de Derecho Internacional Privado en la Universidad Pública de Navarra)
 - Juan Manuel Madariaga Mota (Catedrático de Química Analítica de la UPV/EHU)
 - Celia Rogero Blanco (Científica Titular del CSIC y Directora del CFM)
 - José Manuel Tuñón de Lara (Catedrático en medicina y ex Rector de la Universidad de Burdeos)
 
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